一、销项税额
运输公司一年的收入是2400万元，销项税额=2400×9%=216万元。
二、进项税额分析
根据运输公司成本分析，一般油料费能占到收入的35%~40%，按35%计算；过路过桥费占到收入的5%左右；维修保养费占到收入的10~15%，按12%计算；人工费占到收入的25%左右。根据成本分析数据，理论上来说进项税额=2400×(35%×13%+5%×3%+12%×13%)=150.24万元。其中：(1)只有油料费和维修保养费需要增值税专用发票，实际上这些专用发票也很容易取得；(2)过路过桥费不存在增值税专用发票的问题，进项税额是过路过桥费普通发票通过计算进项抵扣，高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷(1+3%)×3%，一级、二级公路通行费，如暂未能取得收费公路通行费增值税电子普通发票，可凭取得的通行费发票上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣进项税额：一级、二级公路通行费可抵扣进项税额=一级、二级公路通行费发票上注明的金额÷(1+5%)×5%。
结论一：题主说的运输公司每月开200万销售增值税专用发票，基本没有进项票，与实际情况不符，存在虚开的嫌疑，如果真是如此，奉劝尽早收手。
三、运输公司还可以进项如下纳税筹划
（一）加速设备的更新换代，一是可以取得购置固定资产的进项抵扣发票，使得进项税额大于销项税额，有留底税额，不用缴纳增值税；二是2008年1月1日至2020年12月31日购置除房屋、建筑物以外的固定资产单台价值不超过500万时，允许一次性计入成本费用在计算应纳税所得额时扣除，不再分年度计算折旧。
（二）成立两家劳务个体工商户，驾驶员全部通过劳务派遣个体工商户派遣到运输公司上班，一是可以取得劳务费的3%的增值税专用发票，增加进项可抵扣税额，少缴增值税18万元；二是可以节约公司比个体工商户多承担4%的养老保险费用约18万元；三是劳务派遣个体工商户也得赚钱，就按10%的毛利率，也得增加运输公司人工费成本60万元，少缴企业所得税15万元。